Voor haar hbo-opleiding Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek liep Luna Blommaert dit jaar stage bij Het Waterlaboratorium. Op de afdeling Microbiologie ging ze aan de slag met Next Generation Sequencing: ‘Supercool dat ik zoveel zelf mocht doen.’
Veel van haar medestudenten kiezen de medisch/farmaceutische richting van de laboratoriumopleiding. De Hogeschool Leiden ligt namelijk dicht bij het LUMC. Zelf vindt Luna ecologie minstens even interessant. Voor haar afstudeerstage kon ze kiezen tussen pathologie bij het AMC en microbiologie bij Het Waterlaboratorium. Wat de doorslag gaf? “Ik had meteen een goede klik tijdens de kennismaking bij Het Waterlaboratorium. Wat ook meespeelde is dat ik in Haarlem ben opgegroeid en op de website las dat Rob van Gijlswijk afdelingshoofd Biologie is. Hij was een van mijn docenten op de hogeschool.”
DNA-technieken
Het Waterlaboratorium analyseert watermonsters via DNA-technieken. Luna legt hoe dat werkt: “Na het filteren van een watermonster blijven stoffen achter. Daaruit halen we cellen waarvan we minuscule stukjes DNA miljoenen keren vermenigvuldigen via een kettingreactie, polymerase chain reaction (PCR) geheten. Op die manier kunnen we binnen enkele uren aantonen of een bepaalde bacterie in het water zit.”
Bacteriefamilies
Het meest uitdagende deel van haar afstudeeronderzoek noemt ze Next Generation Sequencing (NSG): “De huidige methode van Het Waterlaboratorium geeft aan welke bacteriefamilies te vinden zijn in een monster. Mijn onderzoek ging over hoe je de techniek verder brengt door een groter stukje DNA te nemen. Via NSG bepaal je aan de hand van al die identieke DNA-moleculen uit welke chemische bouwstenen het genetisch materiaal bestaat. Door deze te vergelijken met bestaande data kun je bepalen met welke stof je te maken hebt.”
Een stap verder
Er bestaan duizenden soorten bacteriën. Preciezer kunnen vaststellen welke in water zitten, geeft meer informatie over de invloed die ze mogelijk hebben op levende organismen. “Op familieniveau kun je zeker al conclusies trekken, maar daarbinnen zijn de verschillen tussen bacteriesoorten nog groot. Met NSG tillen we het meten van waterkwaliteit een tree hoger.” Afhankelijk van de uitkomsten van haar onderzoek wordt de techniek toegevoegd aan routinecontroles. “Dat kunnen we pas bepalen nadat de dataverwerking helemaal is afgerond. Dat duurt weken, omdat mijn sequencingfragmenten langer zijn. Daardoor kost het meer tijd om ze te vergelijken met de databases.”
Leren plannen
De stage sluit volgens Luna perfect aan bij haar opleiding: “PCR had ik op school al gedaan, sequencing was nieuw. Omgaan met een sequencing-machine vraagt vakmanschap. Het is priegelwerk en een DNA-run verknallen kost veel geld, daarom doen studenten dat meestal niet. Na enkele maanden mocht ik het zelf proberen, supercool!”
Voor haarzelf leerde ze dat werken heel anders is dan studeren: “Je mag dingen opzoeken en vastlopen is niet erg. Als dat gebeurt tijdens een studieproject, heb je het idee dat je iets fout doet. In het werkende leven kijk je hoe het beter kan en begin je opnieuw.” Ze leerde ook beter plannen: “Ik heb de neiging hard te werken en alles meteen af te maken, maar soms moet je op materiaal wachten of heb je andere mensen nodig. Door vooraf na te denken over wat ik per week ging doen, kon ik het werk beter verdelen.”
Master of medewerker?
Bij Microbiologie gebeuren veel routinecontroles. De collega’s die deze uitvoeren hebben veel praktische kennis, maar op theoretisch vlak zat Luna soms met vragen waarmee ze alleen bij Rob terechtkon, “of ik moest het antwoord zelf uitvogelen. Daardoor heb ik in een paar maanden meer geleerd dan in drie jaar studeren.”
Met haar bachelor op zak denkt ze na over een master. Misschien wordt het Biomedical Sciences aan de VU: “Daarmee kun je verschillende kanten op. Pathologie blijft een optie, of wie weet ga ik door met ecologie.” Die vervolgstudie laat nog wel even op zich wachten, want voorlopig gaat Luna als medewerker aan de slag bij Het Waterlaboratorium.
